בכפר גלים פועל משק חקלאי חינוכי כבר למעלה מ70 שנים. מטרת המשק להקנות ערכי עבודה ומיומנות בחקלאות וברוח המאה ה21 להיות סביבת למידה טכנולוגית מתקדמת שפועלת בשילוב בית הספר והפנימיה כמרחב לרכישת ידע ונסיון בתחום המדעי, הסביבה , החקלאות ועוד. חלק מענפי המשק הינם ענפים יצרניים שמאפשרים גם למידה על תהליכי ייצור ויזמות והכרות עם העולם העסקי בסביבה אמיתית, וגם על הובלה ומנהיגות כחלק מלקיחת אחריות בתפקידים שונים.במקביל חלק מהענפים יש בהם מרכיב חברתי טיפולי שמסייע בהעצמת ילדי הכפר ויצירת סביבת למידה הוליסטית שמחזקת ונותנת מענה לצרכים הרגשיים והחברתיים.למשק החקלאי תפקיד גם בייצור הכנסות לכפר כחלק מהמחויבות של הכפר לגייס משאבים לצורך הפעלתו ורווחת תלמידיו.
נעל"ה הינה תכנית חינוכית ייחודית אשר החלה ב1992 ונועדה לבני נוער יהודים ברחבי העולם המגיעים לישראל ללא הוריהם לשלוש-ארבע שנים. מטרת התוכנית הינה עידוד המשפחות לעליה. הנערים נחשפים בארץ לערכי התרבות, להוויה הישראלית וכן זיקתם למסורת היהודית מתחזקת. בני הנוער מגיעים לתכנית מעשרות מדינות בעולם. בכפר מתחנכים בתוכנית זו בני נוער משכבת ט' ועד יב'.